沙眼衣原体阳性只能说明从检测物中，发现了沙眼衣原体病原微生物，但是并不能提示是什么疾病，因为沙眼衣原体有多个血清型，不同的血清型可在人体引发不同器官的不同病变。
如果是眼睛感染了沙眼衣原体，就容易得急性沙眼，这是结膜组织的传染性疾病，如果早期处理不当或者治疗不及时，病情迁延不愈，容易发展成慢性沙眼，可以对眼表组织造成器官损害，并留下永久的后遗症。
如果是泌尿生殖系统感染了沙眼衣原体，也容易引起相应的炎症。生殖道感染沙眼衣原体容易引起肉芽肿性炎症，泌尿系统感染了沙眼衣原体容易得非淋菌性尿道炎，主要是使用抗生素类药物进行抗感染治疗。