扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起来的，临床可以选择多种方法治疗扁平疣。外用药物方面可以选择外用维A酸类药膏，常见的如维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等，也可以选择外用具有调节免疫的药膏，常见的如重组人干扰素α2b凝胶、5%咪喹莫特乳膏等，还可以选择具有去腐生新作用的中药类药膏，常见的如五妙水仙膏等。系统用药方面可以选择调节免疫的药物，比如胸腺肽肠溶胶囊、脾氨肽口服液以及肌肉注射干扰素等。物理治疗方面可以选择激光、电灼以及液氮冷冻治疗。另外可以选择中医治疗，比如火针、针灸治疗等。