3mm结石导致疼痛的原因主要是结石卡顿在输尿管内，导致肾盂压力急剧地升高，输尿管痉挛所致。3mm结石可以导致肾绞痛症状的发生，包括腰部、腹部剧烈绞痛，疼痛可放射至下腹部，同时，可出现恶心、呕吐症状，且这种结石导致的疼痛不会因为体位改变而得到缓解。可以通过以下的治疗方式来缓解疼痛：
一、肌肉注射黄体酮药物：黄体酮具有扩张输尿管，缓解输尿管平滑肌痉挛的作用，不仅可以止痛，还可以促进结石的排出。
二、外用吲哚美辛栓剂：肛门外用吲哚美辛栓剂止痛效果良好，可以缓解大部分结石患者的疼痛症状。
三、静点非甾体类抗炎药物：也可以缓解结石的疼痛症状。
上述的治疗方式可缓解疼痛，但结石不去除，疼痛症状仍可能反复地出现，故需要积极处理结石。