吃黄连上清丸，尿液可能会出现黄染，这属于口服药物正常的表现。如停止药物后尿色可以恢复至正常的颜色，一般无需任何处理。
但是如果口服药物时尿色发黄，停止药物摄入时，尿色仍然发黄，则建议到医院进一步行尿液常规检测，来了解有无尿胆红素或者尿胆原偏高等情况，进一步来明确尿黄是否有别的原因引起。长期尿黄，还要考虑是否存在有梗阻性黄疸或者肝细胞性黄疸等疾病所致。所以如果停止药物摄入后，尿色仍然发黄，就须要到医院进一步做检查。
但是口服黄连上清丸期间，有可能会造成药物染色而导致尿色发黄，这属于服药时间的正常反应，需要每日保持饮水量在1000-1500毫升左右，多排尿、多观察即可，无需任何药物处理。