艾滋病患者发生咽喉炎时，可以发生在艾滋病初期，也可以发生在艾滋病期，主要是因为艾滋病患者机体免疫功能下降，容易被细菌、真菌、病毒所感染。由于HIV侵入人体之后，主要是伤害人体免疫系统当中最重要的CD4+T淋巴细胞，所以在艾滋病初期和艾滋病期时，都会出现CD4+T淋巴细胞迅速下降，CD4+T淋巴细胞的正常值应该是在600/mm^3以上。
在艾滋病初期和艾滋病期时，CD4+T淋巴细胞可以下降到350/mm^3以下。在艾滋病的晚期时，CD4+T淋巴细胞可以下降到200/mm^3以下。所以，此时机体的免疫功能迅速下降，就可以引起多种机会性感染，多种病原微生物感染都会引起咽喉炎的症状。在艾滋病初期主要表现为HIV感染，出现的HIV病毒血症以及免疫系统急性损伤引起的症状，但是大多数症状比较轻微，一般持续1-3周的时间可以缓解。只有少数患者会出现以发热为主的临床症状，可以伴有咽喉炎，还有腹泻、皮疹、关节疼痛等症状。在艾滋病期时咽喉炎也不是最突出的症状，艾滋病期时突出的症状是持续发热、持续腹泻。