卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，而对于生理性囊肿多数不需要进行治疗，大约三个月左右可自行消退。对于病理性囊肿最常见于卵巢巧克力囊肿，巧克力囊肿属于一种子宫内膜异位性囊肿，会随着月经延迟以及时间延长，囊肿会进行性增大，甚至会有破裂的风险。
所以对于巧克力囊肿一般建议手术切除，手术将囊肿壁给剥除，恢复卵巢的正常形态，但是巧囊术后需要进行药物预防复发，而对于其他的良性囊肿、浆液性囊肿、黏液性囊肿，手术切除以后可进行随访观察，一般不会发生恶性病变的可能。对于良性肿瘤手术是最主要的治疗办法，对于小于5cm以下的卵巢囊肿，建议门诊随访。