小便有时疼有时不痛，则可能的原因：
1、泌尿系统慢性的感染，这样可以出现时疼有时不疼的情况。如果在慢性感染急性加重期，疼痛加重，但是在恢复期并不出现疼痛或者仅有轻微的疼痛感，可能会伴有尿频、尿急，需要进一步的进行尿液化验检查来进一步明确；
2、泌尿系统的结石，比如膀胱结石、尿道结石，结石在排出的过程中产生疼痛，但在静止期时并不会产生疼痛感。有时可能会伴有排尿出血、排尿梗阻感，需要进行泌尿系统的B超检查确诊；
3、泌尿道的肿瘤、息肉等病变，当合并慢性感染时可以有疼痛。感染痊愈，但肿瘤息肉并没有彻底治愈的时候，则此时可有轻微的疼痛或者没有任何的疼痛感，需要进一步的进行泌尿系统的B超、膀胱镜等检查来确诊。