核磁共振造影剂的副作用主要分为两方面：
一、患者容易产生过敏反应，轻度的有可能会出现面部潮红、呼吸速率加快等症状，有的患者也有可能出现各种各样的皮疹，严重的患者可能会出现血压下降甚至休克的症状，一旦出现需要立即停止检查并且进行相应的治疗。
二、造影剂对肾脏的副作用，造影剂主要通过肾脏代谢，容易造成造影剂肾病和肾源性系统性纤维化，所以患有糖尿病、心脏病以及慢性肾病的患者，使用造影剂后肾损伤的风险就会大幅度的增加，患者检查之后一定要大量的喝水，有基础肾病的患者要进行水化的治疗。