宝塔糖的副作用主要有过敏反应、消化系统不良反应、神经系统不良反应以及病毒性肝炎样的表现。宝塔糖是用于治疗小孩肠道寄生虫感染的一种药物，可以治疗肠道蛔虫和蛲虫等感染。
宝塔糖的药物成分为磷酸哌嗪，宝塔糖属于驱虫类非处方药物，可以麻痹蛔虫，使蛔虫不能在肠道生存。如果对磷酸哌嗪过敏，会出现服用宝塔糖之后的过敏反应，主要表现为流泪、流涕、咳嗽、哮喘等反应。
消化道的不良反应有恶心、呕吐、腹痛、腹泻，停药后可以消失。神经系统的不良反应主要表现为头痛、感觉异常、荨麻疹等症状，少数人会有病毒性肝炎样的表现。