区分是不是巧克力囊肿，可以从这三个方面来进行：
第一、女性会有痛经的症状，也就是经期腹痛，这种痛经是原来没有的，在二十几岁或者三十几岁，甚至四十几岁以后出现逐渐加重的痛经。
第二、在超声检查的时候发现附件有囊肿，这个囊肿有它的特点，不是那种单纯的、比较清亮的、透声度比较好的皮包水，而是表现为相对来说比较浑浊的，可能还会有光点漂浮在其中，甚至还有少量的分隔，这是比较典型的巧克力囊肿的超声影像学变化。
第三、实验室检查可以发现CA125这个血清标志物会有轻度升高，正常是35kU/L，在这个界限以下，在巧克力囊肿的时候，它可以到几十，比如70kU/L、80kU/L，甚至100kU/L、200kU/L，但是一般来说不会超过500kU/L以上，500kU/L以上可能考虑是卵巢的肿瘤。
一般来说，根据这三个方面的判断，可以大体上区分是卵巢巧克力囊肿。