不典型川崎病的治疗和典型川崎病的治疗其实并无二治，主要也是通过大剂量丙球静脉注射和口服阿司匹林进行治疗。相对而言，不典型川崎病由于症状不是太典型，故在诊断上比较困难，有时诊断或者确诊的时间会比较晚，患者往往会错过丙球的最佳治疗时间窗，容易出现丙种球蛋白耐受的情况。
在这种情况下，对于丙球耐受的川崎病患者，除了用丙球以外，可能还要用一些激素，通常用甲基泼尼松龙，或者一些其他的免疫制剂，如英夫利西，更严重者可出现多器官功能障碍，甚至于要用血液滤过的方法清除炎症因子，最终使患者得到康复，以上就是不典型川崎病治疗的一个总原则和方案。