宫颈纳氏囊肿属于宫颈转化区生理性改变的结果，而并非炎症，所以宫颈纳氏囊肿也不存在自愈的可能。宫颈纳氏囊肿是在宫颈转化区，鳞状上皮取代柱状上皮过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口，或者深入腺管，将腺管口阻塞，导致宫颈腺上皮分泌引流受阻，潴留形成囊肿。妇科检查可以见到宫颈表面突起多个青白色的小囊泡，内含无色黏液，在镜下可以见到囊壁被覆单层的扁平宫颈黏膜上皮，所以宫颈纳氏囊肿，属于生理性改变的结果。
大多数女性在妇科检查时，都可以在宫颈表面看到纳氏囊肿，因此也不需要进行特殊的治疗。宫颈纳氏囊肿存在的意义在于，提示宫颈纳氏囊肿所在部位曾经是原始的鳞柱交界处，宫颈纳氏囊肿一般也不会引起明显的临床症状，比如阴道分泌物增多、接触性出血等，所以纳氏囊肿也不需要进行特殊的处理、治疗，只需要进行随访观察即可。如果宫颈纳氏囊肿增大，引起宫颈肥大导致不适症状，可以采用物理治疗的方法解决。