巧克力囊肿比较小，一般影响不是很大，当然有些人可能会出现痛经。如果囊肿比较大，慢慢的会侵袭到整个的卵巢组织，会导致卵巢不能排卵，影响到卵巢的功能。卵巢的功能一方面是排卵，另一方面就是内分泌的功能。如果特别大就需要做卵巢巧克力囊肿的剔除术，以免影响到整个卵巢的功能。
巧克力囊肿一般是卵巢上面的囊肿，是子宫内膜异位症的一种，就是子宫内膜异位到了卵巢上边，然后内膜定期的剥脱。子宫里的内膜定期剥脱就形成了月经，在卵巢上面剥脱也会有一些出血，可是它会慢慢形成一个囊肿，里面的液体就是陈旧性的血液像巧克力，因此称为巧克力囊肿。
所以如果有巧克力囊肿有可能会出现痛经，影响卵巢功能、不排卵、分泌雌孕激素的水平下降，再就是有可能会导致破裂形成一种急腹症，需要急诊做手术，所以有巧克力囊肿比较严重。如果说比较小也可以随访、观察，但是一定要重视这个问题。