手足口病的治疗，主要是支持治疗，进行血常规、生化、血糖、胸片以及必要时进行CT或核磁共振的检查。如果出现了精神差、嗜睡、乏力、肌无力的症状不能排除脑膜炎，需要做脑脊液检查。
手足口病的治疗没有特效的抗病毒药物，因此以对症支持治疗为主。对症支持治疗，包括退热、降颅压、脱水治疗以及注射丙种球蛋白的治疗，也可以给予吸氧。如果出现了重症手足口病的情况，需要至ICU进行治疗，必要时可加用糖皮质激素。