直肠息肉在发现后需要进行手术切除。绝大多数的体积较小的直肠息肉，或者多发性的直肠息肉，都属于良性息肉，一般属于炎性息肉，主要是和局部黏膜，长期炎症反复刺激的生长有关。由于直肠息肉有可能恶变而发展成为直肠癌，建议患者在发现和确诊后，尽早进行手术切除治疗，位置较高的直肠息肉，建议患者通过电子肠镜，在肠镜下进行结肠息肉，或者直肠息肉的射频切除治疗。如果直肠息肉的位置偏低，靠近肛门口时，也可直接经肛门口，进行直肠息肉的切除。
直肠息肉切除后，如果局部息肉体积过大，建议将切除下来的息肉离体组织做病检，来明确其病理性质，建议患者手术后半年到一年内，复查一次电子肠镜，连续复查2-3次，均未生长新的直肠息肉，可以延长复查时间。手术后建议患者短时间内，要清淡以及半流质饮食，避免大便过于干燥，划破局部伤口创面出现出血。