扁桃体发炎，咳嗽止不住，如果是病毒感染引起的扁桃体发炎，通常无需药物治疗。由细菌感染引起的扁桃体发炎，可采用抗生素治疗，同时可以与降火类口服药联合应用。抗生素首选头孢类抗生素，头孢类对革兰氏阳性杆菌有效。
扁桃体发炎是由于革兰氏阳性杆菌感染所引起，所以首选头孢类抗生素。如果咳嗽比较厉害，可以口服抗过敏的药物，开瑞坦、扑尔敏等，起到治疼、抗过敏的作用，也可以有效止咳。另外，在用药方面需要严格在医生的指导下用药，同时在饮食方面要注意清淡饮食，局部治疗可以用含化片，漱口水漱口，保持口腔清洁。