巧囊也就是卵巢的子宫内膜异位囊肿，直径＞4cm可以考虑做手术治疗，手术治疗的主要目的是为了防止巧克力囊肿的破裂。巧克力囊肿的手术主要以腹腔镜为首选，但手术后症状的复发率较高，年复发率可以高达10%。所以，手术以后应该辅助药物并长期管理，根据患者病情选择一线或者二线药物，有利于术后的治疗，以减少卵巢子宫内膜异位囊肿和疼痛的复发，但停药以后症状多会很快再次出现。
巧克力囊肿一般不建议术前药物治疗，但是对于病情较重、估计手术困难，以及盆腔粘连严重的患者，手术前可以短暂应用药物三个月，以减少手术难度，提高手术的安全性。卵巢子宫内膜异位囊肿是良性病变，但是具有恶性行为，也就是具有种植、转移的行为，巧克力囊肿一旦发生破裂，囊液流到腹腔，有可能种植下来，形成比较严重的腹腔内异位灶。所以，巧囊一旦超过4cm应该积极手术。