肛瘘手术多以瘘管切除为主，术后创面需敞开，按时换药，直至创口完全愈合。因肛瘘手术切除组织较多，会损伤肛门周围感觉神经产生疼痛症状，需待创面坏死组织清除，肉芽组织生长后疼痛会逐渐缓解，大概两周左右时间疼痛逐渐减轻。
如创面出现感染或患者有糖尿病，会影响创面组织生长，疼痛时间会延长。因此术后创面护理至关重要，建议患者术后要及时创口换药、纱布填充、引流、温水坐浴，还有使用抗菌软膏或抗菌药物控制创口感染，有助于患者术后手术创面愈合。