肛瘘是由于肛管或直肠内的内口经窦道后到达肛门周围的外口而形成，检查肛瘘一般是在肛肠科门诊，门诊医生通过肛门指检触及肛瘘的外口，指检可触及内口，内口一般为结节状，两边对合检查可以触及条索状的窦道。有时窦道比较浅，在体表肛门周围边缘也可以摸到条索状的肿块影，一般都是专业医生检查出来的，很多患者很难摸到，所以都是在医院完成的。有的触及不明显位置比较深说明肛瘘位置较高，行B超或者磁共振检查也可以看到条索状肛瘘的整个行程，有助于手术操作当中进一步明确肛瘘的位置以及肛瘘的走形。