巧克力囊肿如果不治疗，就会继续增大，引起痛经进一步的加重，最终可能会因为增大导致囊肿破裂，形成严重的急症，腹腔内出血，所以巧克力囊肿必须要治疗。巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位，是具有活性的子宫内膜组织异位到卵巢里面。每个月随着卵巢雌孕激素的周期性改变，异位到卵巢里面的子宫内膜也会和宫腔内的子宫内膜一样，产生周期性的增生、剥脱和出血。异位到卵巢内的子宫内膜出现增生、剥脱和出血，流出的血就不能够从阴道出来，在卵巢里面就会形成血肿，类似于巧克力一样的液体，所以把它形象的称作卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿主要引起的症状，是继发性痛经呈进行性加重。随着每个月月经来潮，在卵巢里面的血肿就会逐渐增大，由最开始的小血斑长成一个小血肿，如果不治疗，小血肿继续增大，就会形成一个巨大的巧克力囊肿。当巧克力囊肿达到5-6cm以上，就必须要尽快处理，因为有可能将卵巢壁撑破，导致卵巢破裂出血。巧克力囊肿的液体流到腹腔内，甚至有可能会引起腹腔内的种植，形成腹腔内的子宫内膜异位症。