巧克力囊肿就是一种子宫内膜异位症，指的子宫内膜本来应该长在子宫腔里头，但是内膜长出的地方跑到卵巢上面去了。
子宫内膜随着月经的周期会周期性剥脱，长到卵巢上的子宫内膜也会发生周期性出血和剥脱，但是由于卵巢没有和其他地方相通，所以出血就会聚集在卵巢上面，每一次月经都会有出血，血又没有出来，这个血就会形成陈旧性血液，所以就表现为像巧克力样的颜色，故命名为巧克力囊肿。
这种人常常会有经期腹痛，并且时间久了以后会对怀孕有影响，大概有一小部分人会引起不孕症。所以女性如果出现痛经要及时检查，如果发现卵巢上面有囊肿，就弄清楚是否是巧克力囊肿，及早进行治疗。
女孩子在月经期的时候要注意保暖和休息，以免月经血逆流到输卵管，种植到卵巢上面去，引起子宫内膜异位，也就是巧克力囊肿。