持续三天头疼原因比较多，具体如下：
一、如果持续三天并且发作性疼痛，有固定位置的疼痛，不伴有恶心、呕吐，多考虑是神经性的头疼。应当休息，必要的时候请医生给予降低神经兴奋性的药物进行缓解治疗。
二、如果持续性的头疼位置不明确，头胀且闷，还伴有头晕等。应当对血压进行监测，血压升高或者偏低的血压都可以导致持续性的头疼。
三、血管神经性头疼，可以造成持续三天的头疼。应当对于病人的情绪等方面进行调整，缓解症状。
四、持续三天的偏头疼有可能是眼压升高、青光眼所造成，应当到眼科就诊，明确是否有眼压高的情况。