慢性肠炎的鉴别诊断主要需要和肠结核、功能性肠炎、溃疡性结肠炎以及胃肠功能紊乱等进行相关的鉴别，一般情况下建议患者做肠镜可能相对比较直接、有效的判断，必要时取病理活检，可以明确相关的诊断。
而肠结核的诊断还可以通过痰查痰抗酸杆菌，抽血化验血沉等进一步进行相关的鉴别。溃疡性结肠炎也可以通过实验性的药物治疗，比如通过柳氮磺胺嘧啶等对症处理，如果效果明显可以基本判断是溃疡性结肠炎。
还有一部分如果是细菌性痢疾造成的慢性肠炎可以通过针对性的抗生素进行治疗，也可以试验室诊断，细菌性痢疾的疾病诊断。
如果是神经官能症一般是完善相关的检查后，没有发现明显的器质性病变，才考虑功能性疾病的诊断。