细菌性肠炎的患者主要是给予抗感染治疗，常见的细菌感染有沙门氏菌、志贺菌、弯曲菌、大肠埃希菌、痢疾杆菌、副溶血弧菌等。儿童细菌性肠炎比较常见的是沙门菌、弯曲菌、大肠埃希菌，成年人常见的致病菌是痢疾杆菌、沙门氏菌。
通常感染以后会给予诺氟沙星、红霉素、庆大霉素等药物，待药敏结果回示以后，要根据药敏结果选择敏感的抗生素。除了抗生素治疗外，还要给予肠道益生菌、肠黏膜保护剂，如整肠生、蒙脱石散等。
同时要注意饮食的调节，给予清淡的饮食，避免摄入生冷、辛辣、油腻食物。如果腹泻比较严重，要给予补液盐以及电解质散，防止出现脱水和电解质紊乱，必要时输液。
还有一种传染性比较强的霍乱弧菌，也会引起剧烈的腹泻、呕吐。除了要积极治疗外，还要注意患者的隔离，防止造成传播。