甲沟炎流脓考虑是细菌感染所引起的，可能和嵌甲等有关，最常见的致病菌是金黄色葡萄球菌等。所以甲沟炎流脓，最主要的治疗是使用抗菌消炎的药物，可以局部先用碘伏消毒，去除溢出的脓液，再外涂抗菌消炎的药膏，常用的像复方多粘菌素B软膏、夫西地酸乳膏、百多邦软膏等。
这些药物都有较强的杀灭细菌的作用，复方多粘菌素B成分里有利多卡因的成分，还能够起到很好的止痛的效果。除了外用药物，最好再配合口服抗菌消炎的药物，如头孢菌素类或者是阿莫西林等，只要既往没有过敏的情况就可以服用。