十二指肠球部溃疡的分期主要是根据胃镜检查过程中，十二指肠球部溃疡的表现来进行分期。可以分为三期，具体如下：
第一、活动期也叫A期，主要特点是溃疡基底部浮白色和黄白色厚苔，溃疡周边黏膜充血、水肿，或者周边黏膜充血、水肿开始消退，周围上皮再生形成红晕。
第二、愈合期也叫H期，其主要特点是溃疡浅、少，苔变薄，周边的再生上皮形成的红晕逐渐包绕溃疡，黏膜皱襞向溃疡集中或者溃疡面几乎被再生上皮覆盖，黏膜皱襞向溃疡集中更加明显。
第三、瘢痕期也叫S期，其表现是溃疡基底部白苔消失，而取代为红色瘢痕，最后转变为白色瘢痕。