甲硝唑可以治疗由敏感菌引起的尿道炎，但不能够治疗其他原因引起的尿道炎。尿道炎是一种常见病，临床上可以分为非特异性尿道炎和淋菌性尿道炎，常见的有淋球菌感染、支原体感染、衣原体感染，也有厌氧菌引起的感染，用药前需要根据病史和细菌学检查加以鉴别。
甲硝唑属于硝基咪唑类衍生物，可以抑制阿米巴原虫的氧化还原反应，也可以抑制厌氧微生物脱氧核糖核酸的合成。甲硝唑可以干扰细菌的生长、繁殖，最终致细菌死亡，具有抗厌氧菌的作用。使用甲硝唑，会有15%-30%的病例出现不良反应，以消化道反应最为常见，包括恶心、食欲不振、腹部绞痛等。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。