乳房部位如果出现扁平疣，通常可以选择局部以及系统用药的方式来治疗。局部用药的方式有很多办法，通常可以选择具有角质剥脱的药物，或者具有细胞毒性的药物，但是此类药物对正常皮肤均有一定的刺激，应该在应用过程中仅涂抹在疣体部位。
可以选用的药物包括3%的雷琐辛溶液每日1-2次外用，也可以选用0.5%的鬼臼毒素酊剂每日两次外用，还可以应用0.025%的维A酸软膏每日两次外用，或者3%的酞丁安膏剂每天晚上用一次。在抗病毒药膏方面，可以选择咪喹莫特软膏每日两次涂沫。