甲状腺炎的治疗包括对症和对因治疗：
第一、对症，亚急性甲状腺炎临床上最常见的症状是疼痛，所以很多人老是反复的，觉得嗓子疼，觉得自己感冒了，在疼痛很明显的时候，可以用非甾体类的抗炎药进行止痛处理；
第二、对因，当病人处于甲亢期，如甲状腺严重破坏引起甲状腺素过度释放而导致的甲状腺炎，因为甲状腺炎是破坏性的疾病，甲亢并不是甲状腺细胞真的生产了很多的东西，而是每一个甲状腺的滤泡细胞里面，它所贮存的甲状腺素严重的破坏，导致细胞爆炸，里面的甲状腺素过度的放出来，引起一过性的甲状腺功能的亢进表现，这种情况临床上一般不使用甲巯咪唑、丙硫氧嘧啶这类抗甲亢药物，除非甲亢合并了Graves病，病人心跳过快，可以用β受体阻滞剂控制心率，等到甲状腺功恢复到正常，就可以停止β受体阻滞剂。
如果病人出现甲减，TSH在超过10mU/L的情况下，除非病人有生育要求，一般不进行甲状腺素的补充。但是，需要补充一些左旋甲状腺素钠片，左甲状腺素钠片的成分跟机体的成分一样，结构相近，可以帮助机体去补充不够的甲状腺素成分，发挥它的生物效能，在这个过程中要不停的进行复查，进行剂量的调整。