精子畸形率99%说明畸形率是非常高的，比较难以治疗。针对这种情况可以先通过药物进行调理治疗，建议服用生精胶囊、五子衍宗丸、锌硒宝、维生素E等药物进行调理。
另外建议平时要加强营养，多吃高质量蛋白质的食物，比如鱼肉、牛肉、牛奶、鸡蛋等等。还建议要多吃蔬菜水果，比如苹果、梨、香蕉、生菜、菠菜等食物有助于改善精子畸形率，从而使之不影响患者的生育能力。