直肠炎相对于结肠的其它部位肠段的炎症来说，着重推荐选用栓剂类或者灌肠类的治疗方式，这种药物能直达病所，也排除了肝脏的首过效应，对药物的起效是很有利的。像栓剂常用的有5-氨基水杨酸类，比如美沙拉秦栓、柳氮磺胺吡啶栓。
中药的主要是治疗痔疮的有一些栓剂也具有清热解毒、利湿、消肿止痛的作用，因此中药痔疮的栓剂也是可以用来治疗的。包括马应龙的痔疮栓，各式各样的痔疮栓也是可以用来治疗直肠炎的。
至于保留灌肠的药物，如果从西药方面可以选用一些抗厌氧菌的药物，包括甲硝唑、替硝唑一类的注射液灌肠，或者是用广谱的利复星、左氧佛沙星类的药物进行灌肠，效果也是不错的。
还有一类是中药的汤药的保留灌肠。用清热利湿、凉血止血、消肿止痛的药物组方来进行灌肠。这些所有的药物都要在医生的指导下使用。