脑脓肿经过积极、有效的治疗以后，如果在疾病期或者发展期，炎症得到有效的控制，病人神经功能障碍能得到及时、有效地缓解，可以不留后遗症或者后遗症非常轻微。如果脑脓肿治疗效果不佳、不及时或者致病力比较强的致病菌导致的脑脓肿，在不同的部位会有不同的后遗症。病人会感觉对侧肢体、躯干肢体的感觉运动功能障碍，另外会出现言语功能障碍。如果是枕叶的脑脓肿，还会出现视力的影响。脑脓肿手术是否顺利、脓肿是否破裂、是否完整的切掉脓肿，与病人的预后关系非常密切。另外，脑脓肿治疗后期会出现继发性脑积水，会出现癫痫等后遗症。