颅内囊肿根据不同的部位可能出现不同的症状。小的囊肿出现症状时，往往是处在脑室循环系统。因为脑室循环系统有狭窄的地方，有侧脑室、室间孔、三脑室和中脑导水管以及四脑室的正中孔，像这些狭小的部位，如果有囊肿堵塞，早期就会出现脑脊液循环障碍，也就是脑积水的症状，头疼、呕吐、视乳头水肿，需要积极、尽早治疗，否则会造成严重的后果，脑疝形成，心跳、呼吸停止。囊肿生长在其它部位时，早期可能没有任何症状，往往是意外检查才能发现。一旦出现症状，也是靠近颅神经末梢、颅底、颅神经结构比较紧密的地方，对颅神经有压迫出现相应的症状。最常见的是在颅后窝、桥小脑角形成的囊肿，它对后组颅神经有影响，小脑平衡不好，走路不稳，甚至后组颅神经受影响，喝水呛咳等。位听神经受影响会出现眩晕、耳鸣。三叉神经受影响会出现面部的麻木，感觉的异常等，大到一定程度会出现占位效应，出现头疼、呕吐、高颅压等症状。