药流不全所做的清宫对子宫的损伤，主要取决于手术大夫的手术操作经验，以及残留组织与宫壁粘连的紧密程度。药流不全大多数是宫腔组织的残留，残留物无法经过药物清除而采用手术的办法将其取出，操作过程和人工流产手术区别不大，当宫腔残留组织与宫壁粘连比较紧密时，在清宫的过程中可能会将宫壁组织损伤，引起子宫内膜基底层的损伤，而导致宫腔粘连的发生。对于临床经验比较丰富的大夫来说，进行手术操作时创伤也可以降到很低。
另外，术后、术前应用促进子宫内膜生长的药物，妊娠残留组织松动对于手术清除残留组织，减少内膜组织损伤，也能起到很大的帮助作用。大部分清宫术后，子宫内膜需要完全恢复，所以药流不全对子宫的伤害大部分可逆，而那些不正当的操作，或者手术时宫腔残留组织与宫颈粘连比较紧，可能会对子宫内膜造成比较严重的损伤，引起严重的术后并发症，对患者的生育以及月经造成一定的影响。