硫磺软膏和硫软膏的区别主要在于含硫量上，两种药物含硫量不同。硫磺软膏的含硫量比硫软膏要高，而且硫软膏中的硫是工业硫磺或者是矿硫磺经过加工而得来的，硫磺软膏中的硫磺是天然的矿物质直接粉碎而成的。
二者在皮肤科的应用也有些区别，硫软膏主要用于炎症性皮肤病的治疗，比如痤疮或者脂溢性皮炎，可以抗菌、消炎。硫磺软膏由于含量比较高，用来治疗传染性皮肤病，比如疥疮以及其他的有明确虫体的皮肤病。
另外硫磺软膏含硫量比较高，局部外用后及时的清洗，如果不清洗会刺激皮肤，导致局部有烧灼感或者红肿、不适等症状，而硫软膏相对来讲上述的副反应可能少一些。