脊髓脊膜膨出的并发症重在预防，或者重在通过早期诊断、早期手术来有效的控制并发症的发生。它的并发症主要有两大类，一类是脊髓脊膜膨出的囊壁破裂，细菌入侵引起脑膜炎，如果并发症已经发生了，要积极控制炎症，加强支持治疗，同时在炎症控制之后，要尽快处理局部的病变，以防止反复感染、反复造成脑膜炎。另一类是神经功能障碍的并发症，主要是通过尽早手术来控制神经损害的发生和进行性加重。