治疗幽门螺杆菌的药物有多种，包括铋剂、质子泵抑制剂和抗菌药物。铋剂多选用枸橼酸铋钾或者胶体果胶铋；质子泵抑制剂目前有五种，包括奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑和埃索美拉唑，埃索美拉唑又称为艾司奥美拉唑，是目前质子泵抑制剂中作用最强，相对副作用也比较少的药物。抗菌药物有多种，包括甲硝唑或者替硝唑、左氧氟沙星或者莫西沙星、阿莫西林、克拉霉素、呋喃唑酮等多种药物，都可以选择。
目前常用的有3联疗法和4联疗法，3联疗法有2种方案：第1，是1种铋剂加2种抗菌药物；第2，是1种质子泵抑制剂加2种抗菌药物。4联疗法包括1种铋剂加1种质子泵抑制剂加2种抗菌药物。没有任何一种药物可以达到幽门螺杆菌的根除，目前3联疗法根除率可达到80%-90%，4联疗法根除率可达到90%以上，在停药1个月以后要进行复检。