沙眼的治疗包括全身和眼局部药物治疗及对症的治疗，局部抗生素治疗选用0.1%利福平眼药水、0.1%酞丁安眼药水、0.5%新霉素眼药水及红霉素类、四环素类眼膏，疗程最少10-12周。
全身抗生素治疗，急性期或严重炎症沙眼的患者应全身应用抗生素治疗，一般疗程为3-4周，还可以口服四环素，为了达到长期消除致盲性沙眼的目的，世界卫生组织建议不同沙眼检出率治疗原则不一样，需要根据不同的年龄、不同的体质以及不同的群体采取不同的治疗方式。