临床上对于一些消化系统疾病，益生菌是比较常用的一种药物，它也是最近一些年兴起的一种新的治疗方式。因为益生菌能够抑制肠道的有害菌，起到消炎、抑制有害菌生长，保护胃肠黏膜的一个作用。
对于常见的一些肠道功能性疾病，都能起到一个不错的效果，比如患者慢性的腹泻、便秘、肠易激综合征或者急性胃肠炎时，都可以考虑应用肠道益生菌进行调整。它能短时间内抑制有害菌，同时具有一定的促进胃肠功能，起到一个双向调节作用，安全性也是比较好的，因为它是有充分的循证医学证据。
一般来讲长期应用也不会有一些明显的不良反应，所以临床上它的效果和安全性、有效性都得到了一定证实，常见的一些慢性肠道疾病都可以考虑应用益生菌进行调整。