患者发生细菌性扁桃体炎主要的致病菌是乙型溶血性链球菌，可能常伴有葡萄球菌等其他各种类型的致病菌，或者病毒混合性感染。对出现细菌性扁桃体炎的患者，常需要积极使用足量、足疗程的抗生素药物进行治疗改善，常用青霉素类或者头孢菌素类，对链球菌感染能起到较好的杀灭和控制。
患者常需要联合使用清热解毒效果的中成药物，比如蒲地蓝消炎口服液，喉咽清口服液等，与抗生素药物联合使用能积极缩短病程，尽快改善症状，部分患者如果扁桃体炎症程度较重，可能需要采取输液、抗感染的治疗措施，可以酌情联合使用适量的地塞米松等激素类药物。患者治疗期间，需要注意适当多休息、多饮水、采取隔离和防护措施，避免传染。