治疗间质瘤的药物会首先选择伊马替尼，伊马替尼可以做一线治疗，可以做术前的治疗和术后辅助治疗，可以作为CD117阳性的病人，C-kit外显子9突变的病人都可以选择伊马替尼治疗。
另外如果伊马替尼效果不好，可以选择舒尼替尼，另外还可以再选择瑞戈非尼。病人还要做基因检测，看一看有没有一些新的基因突变，因为间质瘤是由一些间充质细胞恶变导致，因此它的酪氨酸激酶受体KIT和血小板衍生生长因子受体有突变，可能需要一些新的靶向药物，新的一些治疗方案，因为是有一些基因改变，所以还要不停的调整基因治疗、基因的检测，同时要给予做手术和局部的治疗。