如果女性患者出现窦性心律不齐，应该积极寻找原发病，根据原发病寻找对症的药物进行治疗，才能够彻底治疗此病。
如果患者因为出现了甲状腺功能亢进而导致窦性心律不齐，可以服用赛治、盐酸美西律等药物。
如果患者是因为冠心病、不稳定型心绞痛等因素导致的窦性心律不齐，可以通过服用硝酸酯类的药物，例如单硝酸异山梨醇酯，抗血小板聚集的药物，如阿司匹林、氯吡格雷、替格瑞洛，还可以服用β受体阻滞剂，例如倍他乐克。
如果是严重的心律不齐，还可服用胺碘酮，都能够起到上述作用。女性患者如果在植物神经功能紊乱或心脏神经官能症时出现上述症状，可以服用一定的营养神经药物，例如谷维素片、维生素B1、维生素B6片等等。