引起儿童睡醒咳嗽的原因，主要是由于患有鼻炎或咽喉炎引起的症状。在儿童患有鼻炎的时候，在睡觉会导致鼻涕反流到咽喉部，在睡着的时候，神经敏感性降低，从而咳嗽次数不是很多。在睡醒以后，就会感觉到咽喉部位有异物感，有些儿童会出现有痰的症状，这种时候儿童就会出现不自主的咳嗽。
针对这种情况，可以针对鼻炎以及咽喉炎进行治疗，针对鼻炎主要可以应用白三烯受体阻滞剂，比如应用顺尔宁。进行咽炎的治疗，主要选用清热利咽喉的药物，比如可以给儿童应用银黄颗粒。