杞蓉胶囊上市后的不良反应报告显示，此药在医生的指导下辨证合理使用比较安全，不良反应较少，主要表现为胃肠道反应，如恶心、食欲不振、腹痛、腹泻、胃灼烧感、便秘等，一般症状较为轻微，停药后症状就可以消失。
临床出现胃肠道不良反应的患者可以饭后服药，以降低不良反应的发生率，如果症状严重请立即就医。还有少数患者可能会出现头晕、头痛、皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用。此药药性温热，过量服用容易出现上火的症状。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。如果正在使用其他药物，为防止药物相互作用，影响治疗，请就诊时告知医生。