巧克力囊肿一般是会影响怀孕的，但是有的人也能怀孕，如果夫妻双方其他检查都没有问题，仅发现存在卵巢巧克力囊肿，有可能就是影响怀孕的主要因素，就要考虑是否做手术将巧克力囊肿切除掉。如果真的做巧克力囊肿剥除术，都是建议月经恢复了之后尽快怀孕，因为巧囊特别容易复发，怀孕反而能抑制巧克力囊肿的生长，所以不是得了巧囊一定不会怀孕，但是巧囊对怀孕是有一定影响的。