治疗肛周脓肿的药物包括两类：第一类，有效敏感的抗生素抗炎对症治疗，临床上应用比较广泛的有头孢哌酮舒巴坦钠、头孢曲松钠以及口服的药物，包括头孢克肟、头孢克洛等。肛周脓肿多数也和厌氧菌感染有密切关系，应该加用抗厌氧菌的药物，如甲硝唑、奥硝唑、替硝唑等药物，联合应用这些抗菌药物治疗肛周脓肿的效果比较理想。第二类，肛周脓肿术后也应该应用活血化瘀、去腐生肌的药物，临床上应用的药物有橡皮生肌膏以及康复新液等，这些药物能够清除局部的脓腔坏死物质，有利于促进肉芽组织增生，是治疗肛周脓肿效果比较不错的药物。