白癜风的发病机制尚不清楚，一般认为是具有遗传素质的个体在多种内外影响因子的刺激下发生免疫功能、神经精神、内分泌，以及代谢功能等各方面的紊乱，导致体内色素相关酶系统抑制，使黑素生成障碍或直接破坏黑素细胞，最终使皮肤色素脱失。
许多研究结果显示，表皮黑素单位的氧化还原状态受损是导致非节段性白癜风免疫反应的原发性缺陷，此病可能是由于镶嵌式发育导致黑素细胞脱失引起。白癜风具有家族聚集性，患者亲属患病率大概为3%-12%，高于一般人群，故提示遗传因素在白癜风发病中发挥一定作用。白癜风患者可以合并其他自身免疫性疾病，而且白癜风患者可以查到自身相关性抗体，这些说明了白癜风与免疫因素有很大关系。