尿路感染可以出现疼痛，与感染部位的不同疼痛部位也不相同，比如发生急性肾盂肾炎时可以出现腰痛、腰困。如果出现急性膀胱炎，可以出现明显的小腹部疼痛。如果出现尿道炎，可以出现排尿时尿道内刺痛、灼热。
因为感染以后造成局部炎性反应，局部黏膜充血、水肿、糜烂等改变，尿液刺激局部病变的黏膜，就可以产生局部的疼痛感，同时还可能伴有尿频、尿急或者发烧。部分患者还可能存在肉眼血尿，因为急性黏膜糜烂以后造成出血，血液混杂着尿液中故而表现为尿色发红的改变。
感染以后积极使用药物进行抑制细菌治疗，细菌根除以后黏膜会逐渐修复，疼痛也就逐渐减轻或者消失。