扁桃体发炎大多是由于细菌感染引起的，有时会伴有病毒的感染。因此，治疗扁桃体炎时，首先是选择抗生素来对症治疗。首选的抗生素是青霉素类或者头孢菌素类药物，例如阿莫西林、头孢呋辛、头孢克肟等。
如果伴有病毒感染，可以口服抗病毒的药物，例如蒲地蓝口服液、抗病毒口服液等。同时还可以口服治疗咽喉炎的中成药，例如甘桔冰梅片、复方双花片等。
扁桃体炎饮食上要以流质饮食为主，避免进食辛辣、刺激的食物，还要多饮温水，注意休息，要注意保暖，避免反复的受凉感冒。
如果扁桃体发炎一年超过3-5次，可以考虑扁桃体切除手术。