大蒜有一定的杀菌作用，但大蒜显然不能治疗灰指甲。一般的抗真菌的外用药也很难将灰指甲治愈，因为外涂药物很难渗透到甲板将真菌杀灭，所以外用药物一般效果也并不好。
现在有一些特殊的剂型，如阿莫罗芬甲涂剂、环吡酮胺甲涂剂，因为增加了药物的渗透性，对于一些轻症的灰指甲有治疗的作用。但是，如果灰指甲是多个指甲受累，或者是指甲损害的程度比较严重，整个甲板都发生了变化，比如增厚、变黄、发脆等。一般需要口服才可以治愈，口服药物常用的有伊曲康唑和特比萘芬，一般需要服用数月的时间才可以治愈。